Người bệnh thường được đề nghị dùng nhiều thang, nhiều phương thang cho một đợt điều trị. Nhìn chung, điều trị bằng thuốc Bắc thường mất thời gian hơn so với điều trị bằng y học hiện đại đối với cùng một loại bệnh.

Thuốc Bắc được dùng qua đường miệng là chủ yếu. Thuốc đem luộc, hãm, ninh trong nước (sắc thuốc) theo tỷ lệ do thầy thuốc đề nghị, chẳng hạn như một thang thuốc với bao nhiêu bát nước và đun trong khoảng thời gian bao lâu để còn bao nhiêu bát thuốc nước. Đối với người bệnh không có điều kiện sắc thuốc, thầy thuốc có thể cho dùng thuốc đã bào chế thành viên. Đối với thuốc Bắc ngâm rượu bao gồm cả bộ phận động vật ngâm rượu hay cao đem ngâm rượu, thầy thuốc cũng hướng dẫn cách sử dụng chặt chẽ về thời gian, thời điểm, khối lượng, đối tượng dùng, chỉ định và chống chỉ định.

Ngoài ra, thuốc Bắc cũng có thể dùng để chườm, đắp, bôi, bó, xông hoặc để trong gối dùng khi đi ngủ.

Thuốc Bắc còn có thể dùng làm thực phẩm trị liệu như tiềm (hầm) với gà, gân, nấu canh với cá, xương, nạc, nẫu lẩu, làm kẹo ngậm...

Để tránh phản ứng giữa các kim loại với chất hoạt tính sinh học trong thuốc, phương pháp sắc thuốc truyền thống là sử dụng nồi bằng đất nung hoặc gốm sứ. Với hàm lượng chất hoạt tính sinh học trong thuốc rất nhỏ, cỡ vài mg/lít và khi sắc thuốc, nước sôi đến 100 độ C nên rất dễ phản ứng với các tạp chất có trong nước như các kim loại chuyển tiếp Crôm, Niken, Sắt… tạo thành các chất cơ kim làm giảm tác dụng và gây các tác dụng phụ cho người uống thuốc. Để loại trừ các phản ứng của thuốc với tạp chất của nước thì tốt nhất là dùng nước cất để sắc thuốc bắc.